Il promontorio di Kroton (Κρότων in greco antico) era abitato da popolazioni indigene, forse enotri e japigi, già nell'età del bronzo e nella prima età del ferro. La fondazione greca di Crotone risale al 718 a.C., come citato da Eusebio di Cesarea nel suo Chronicon, sebbene altre fonti la rimandino al 710 a.C., o al tempo del re Polidoro, nel 743 a.C. La fondazione storica della città avvenne ad opera di Achei provenienti dalla montuosa regione dell'Acaia. La leggenda narra che il nome Crotone derivi da "Kroton", figlio di Eaco, che morì ucciso per errore dal suo amico Eracle. Questi, per rimediare all'errore compiuto e per onorare l'amico che lo aveva ospitato, lo fece seppellire con solenne cerimonia sulle sponde del torrente Esaro e poi vicino alla tomba fece sorgere la città a cui diede il suo nome.
Secondo una leggenda, l'oracolo di Apollo a Delfi ordinò a Miscello di Ripe di fondare una nuova città nel territorio compreso fra Capo Lacinio e Punta Alice. Dopo aver attraversato il mare ed esplorato quelle terre, Myskellos pensò che sarebbe stato meglio fermarsi a Sybaris, già florida e accogliente anziché affrontare i pericoli e le difficoltà nella fondazione di una nuova città. Il dio adirato gli ordinò di rispettare il responso dell'oracolo. Secondo Ovidio sarebbe stato invece Eracle ad ordinare a Myskellos di recarsi sulle rive del fiume Esaro. Un'altra tradizione fa risalire il nome della città all'eroe Kroton, fratello di Alcinoo re dei Feaci. Infine, una possibile spiegazione del nome, lo lega al verso (crocidio) emesso dagli aironi o dalle gru che popolavano le paludi costiere. In effetti un airone compare accanto al tripode su alcune tra le più antiche monete argentee incuse di Kroton.
Dopo una coesistenza iniziale relativamente pacifica, tra le città magnogreche, verso la metà del VI secolo a.C. iniziarono le discordie, che riproducevano a distanza lo scontro tra Atene e Sparta. Nel 560 a.C. Kroton e Locri iniziarono una guerra decennale, che si concluse con la battaglia della Sagra, vinta dai Locresi, sostenuti da Sparta. La città era famosa per il suo clima salubre, per la bellezza delle sue donne, per le fertili campagne e per la forza fisica dei suoi uomini, tra cui ricordiamo il pluri-olimpionico Milone, tanto che superò ogni altra città greca nel numero di vincitori nei Giochi olimpici: un proverbio diceva "ultimo dei Crotoniati, primo dei Greci". Una leggenda narra che Milone partì dalla polis ionica portando un vitello e giunse ad Olimpia con un toro sulle spalle, destando meraviglia e clamore, e vincendo quindi numerose gare.
La costa presentava un profilo molto diverso da quello attuale. Nel tratto di mare tra l'antica Krimisa (l'odierna Cirò, patria di un vino che - secondo alcuni eruditi - veniva dato in premio ai vincitori dei giochi olimpici ateniesi) e l'attuale Le Castella, a poche miglia dalla riva secondo Plinio il Vecchio (Naturalis Historia - Liber Iii - 10) sarebbero esistite cinque isole visibili dalla costa e ormai inghiottite dal mare: Meloessa, Tyris, Eranusa (situate tra Capo Colonna e Le Castella), Ogigia e Dioscoro (quest'ultima a 10 miglia dalla costa). A Le Castella sono presenti resti archeologici sommersi. In particolare, nel fondale antistante il castello, l'archeosub Luigi Cantafora ha fotografato i resti di cave sommerse, scale, e cisterne per la conservazione dell'acqua.
Kroton fu anche celebre per i suoi medici tra cui ricordiamo Democède (amico di Pitagora) ed Alcmeone, il quale introdusse la sperimentazione trasformando la medicina, che fino ad allora era contaminata da magia e superstizione, in una scienza. Pitagora, nato a Samo nel 572 a.C. si trasferì - intorno al 530 a.C. - a Kroton presso l'amico Democède, creando una scuola di sapere, di scienza, matematica e musica. Dopo l'arrivo di Pitagora, Kroton mosse contro Sibari, fino ad allora sua alleata. Nel 512 a.C., tre nobili crotoniati vennero sgozzati e i loro corpi furono dati in pasto ai lupi che affollavano le paludi intorno a Sibaris, perché uno di loro si era innamorato di una bellissima vestale dagli occhi azzurri, che aveva tentato di rapire. Questo fatto, aggiunto alla rivalità centenaria fra le due città dovuta a motivi commerciali, politici e di diversa appartenenza religiosa, convinsero i crotoniati a scendere in guerra contro Sibaris. Nel 510 a.C. si svolse una battaglia nei pressi del fiume Nika (Cariati), da dove i crotoniati inseguirono e annientarono le forze sibarite in una battaglia finale al guado del fiume Trionto (nei pressi di Mirto Crosia). Secondo la leggendaria tradizione, si erano fronteggiati ben 100.000 crotoniati, guidati dall'atleta olimpico Milone, contro i sibariti che li superavano per tre volte. La vittoria arrise a Kroton nonostante l'inferiorità numerica poiché i sibariti usarono, per la battaglia, cavalli ammaestrati a eseguire passi di danza negli spettacoli al suono dei flauti. I crotoniati, nella Battaglia di Nika, iniziarono a suonare i flauti, eseguendo la stessa melodia con la quale i cavalli erano stati ammaestrati per danzare, col risultato che le avanguardie delle truppe sibarite furono disarcionate immediatamente. E dopo settanta giorni di saccheggi venne deviato, sembra su idea di Pitagora, il corso del fiume Crati i cui flutti fecero sparire Sibari per sempre.
Pitagora con i suoi discepoli conquistò il potere politico della città: in pochi anni si consolidarono governi pitagorici in molte polis della Magna Grecia costituendo una sorta di confederazione fra città-stato con capitale Kroton, come risulta da numerose monete coniate fra il 480 e il 460 a.C. Giunta al massimo della sua egemonia politica e culturale, Kroton fu travolta da una serie di conflitti sociali che sfociarono nella sanguinosa rivolta guidata dall'oligarca Cilone durante la quale molti pitagorici furono trucidati e lo stesso Pitagora dovette fuggire da Kroton e riparò a Metaponto. Parallelamente caddero anche gli altri governi consimili e vi furono stragi e persecuzioni di pitagorici in tutte le polis italiote.
Nel 480 a.C. Faillo di Crotone armò a sue spese una nave radunando i crotoniati dimoranti in Grecia e partecipò alla battaglia di Salamina. Mezzo ceppo d'ancora in pietra riportante il suo nome è stato rinvenuto a Capo Cimiti, e attualmente è conservato presso il Museo Nazionale di Reggio Calabria. Caduto il governo pitagorico, Kroton visse un periodo di decadenza. Costituì, con Metaponto e Caulonia, la Lega Italiota per difendersi dagli attacchi delle popolazioni lucane. Nel 383 a.C. la federazione fu sconfitta da Dionigi I di Siracusa in una sanguinosa battaglia.
I Romani conquistarono Kroton (Croto in latino) nel 277 a.C., guidati dal console Cornelio Rufino. Durante la seconda guerra punica, Annibale vi tenne i suoi accampamenti invernali per tre anni e di qui si imbarcò per l'Africa nel 203 a.C. Nel 194 a.C. vi fu dedotta una colonia romana.
Quando si pensa all'antica Kroton, vengono subito in mente nomi come Pitagora, Milone, Alcmeone, un po' meno quello di Faillo e di Cilone. Pochissimi, invece, hanno sentito parlare di personaggi come Onata o Arignota. Molti sono infatti i personaggi sconosciuti ai più, legati agli antichi fasti della città, una moltitudine di filosofi, matematici, militari, medici e personalità legate alla Scuola pitagorica. La storia si complica e si intreccia, personaggio su personaggio, che secondo la tradizione e i miti molto spesso si vogliono imparentati o legati a Pitagora, come Milone stesso del resto. Vediamone qualcuno con qualche nota biografica, più o meno storica. Per alcune fonti, tra i primi quattro redattori della prima edizione dei poemi di Omero, è probabile che ci sia il poeta Orfeo di Crotone, eppure gran parte della sua città non lo conosce. Brontino crotoniate, filosofo e medico, secondo alcune fonti era padre di Teano che era moglie di Pitagora, per altre era invece il marito di Teano che diventerebbe quindi solo discepola di Pitagora. La filosofa Teano per altri sarebbe la figlia di Pitagora. Tornando a Brontino, la tradizione lo vorrebbe tra gli scrittori che, sotto il nome Orfeo, avrebbero scritto dei poemi mistici, oltre ad essere stato lo scopritore di una misteriosa polvere filosofica (forse un medicamento). A lui sono dedicate le opere di Alcmeone, secondo lo storico greco antico Diogene Laterizio. Tra i nomi meno conosciuti, il primato di vero patriota crotoniate va consegnato a Gartiga di Crotone, tant'è che morì, secondo Giamblico, di crepacuore nel vedere la sua città distrutta durante la Battaglia dell'Elleporo, tra la Lega Italiota di cui Kroton ne era capitale.
Gartiga è stato anche tra i numerosi successori di Pitagora alla guida della Scuola pitagorica. Altro filosofo quasi sconosciuto era Millia di Crotone, marito della filosofa Timica di Sparta. Secondo l'opera “Varia Historia” dello storico latino Claudio Eliano, Millia fu reso edotto da Pitagora di essere la reincarnazione del re dei Frigi Mida, anche se poi Gianblico racconta che Millia era convinto di essere invece la reincarnazione di Euforbo figlio di Panto, per segni indubitabili. Aristotele ci ha parlato di un altro filosofo crotoniate, Xuto, che tentò di spiegare l'esistenza del vuoto, con un rompicapo che sembra una lezione di fisica. Suda, Giamblico e Porfido, sostengono che Myia fosse figlia di Pitagora e Teano, nonché moglie di Milone. Della filosofa crotoniate purtroppo si sono perse le opere, tranne una lettera, ma si dice che il suo pensiero e opere fossero molto famose nell'antichità. Quindi se la lista dei filosofi è lunghissima, questi riportati sono solo alcuni. Dei nostri avi che andrebbero riscoperti ne troviamo in altri ambiti, esempio in quello militare spicca il nome di Leonimo, “sconosciuto” si fa per dire, vanta citazioni da Strabone, di Cicerone in De Natura Deorum, poi da Plutarco, Giustino, Pausania. Leonimo quindi fu un militare che prese parte alla battaglia della Sagra, insieme a Formione. Secondo le leggende, sia Leonimo, che Formione, dopo la battaglia contro Locri Epizefiri, si recarono dall'oracolo di Delfi. La Pizia ordinò a Leonimo di partire per l'isola di Leuca, dove incontrò Achille ed Elena, quest'ultima gli consigliò di andare a trovare il poeta Steisicoro dove poi entrambi sarebbero guariti dalla cecità. Mentre Formione, fu indirizzato dall'oracolo a Sparta, dove come consigliato, chiese aiuto al primo medico incontrato. Ospitato da un giovane e dopo aver partecipato alla festa in onore dei Dioscuri, venne trasportato miracolosamente da Sparta a Crotone, guarito e poi trasportato a Cirene dove avrebbe incontrato re Batto II. Quindi fu ritrasportato in fine a Crotone. Nell'ambito storico, Formione, dopo la battaglia contro i Lacedemoni, fu comandante della truppe crotoniate guidandole alla distruzione ed alla colonizzazione di Cleta. Ed ancora chi ha sentito parlare di un altro, forse, figlio di Pitagora, il filosofo Arimnesto? O di Astone? E di un’altra figlia di Pitagora, la sempre filosofa Damo? C'è da diventare matti tra filosofi, figli veri e probabili di Pitagora, di certo appartenenti alla sua stretta cerchia, per non parlare della moltitudine di crotoniati antichi legati al mondo dello sport e della medicina, conosciuti da pochi “addetti alla cultura” e che la città farebbe bene a riscoprire.