Paestum, nome latinizzato del termine Paistom con il quale venne definita dopo la sua conquista da parte dei Lucani, è un'antica città della Magna Grecia chiamata dai fondatori Poseidonia in onore di Poseidone, ma devotissima a Era e Atena. L'estensione del suo abitato è ancora oggi ben riconoscibile, racchiuso dalle sue mura greche, così come modificate in epoca lucana e poi romana. In passato era nota anche come Pesto.
La città è stata abitata fin dall’epoca preistorica. Ad oriente della Basilica, nell’area prospiciente l'ingresso, si sono rinvenuti manufatti databili dall’età paleolitica fino all’età del bronzo; a sud di essa, verso Porta Giustizia, sono stati scoperti i resti di capanne, a testimonianza dell’esistenza di un abitato preistorico. Nell’area del Tempio di Cerere, e tra questo e Porta Aurea, si sono trovate attestazioni archeologiche che documentano uno stanziamento di età neolitica.
Mancano notizie precise sulla fondazione della città, ma si potrebbe ipotizzare che essa sia stata fondata da una minoranza di Dori Sibariti, cacciati via dalla maggioranza achea. Dai dati archeologici contestuali, si può tentare una ricostruzione verosimile del quadro che portò alla nascita della città: verso la metà del VII secolo a.C., la città di Sibari iniziò a creare una serie di "sub-colonie" lungo la costa tirrenica, con funzioni commerciali: tra esse si annoverano Laos ed uno scalo, il più settentrionale, presso la foce del Sele, dove venne fondato un santuario dedicato ad Hera, con valenza probabilmente emporica. I Sibariti giunsero nella piana del Sele tramite vie interne che la collegavano al Mare Jonio. Grazie ad un intenso traffico commerciale che avveniva sia per mare - entrando in contatto con il mondo greco, etrusco e latino - sia via terra - commerciando con le popolazioni locali della piana e con quelle italiche nelle vallate interne - nella seconda metà del VII secolo a.C. si sviluppò velocemente l'insediamento che poi dovette dar luogo a Poseidonia, sviluppo della città accelerato certamente anche da un preciso progetto di inurbamento. Una necropoli, scoperta nel 1969 subito al di fuori delle mura della città, contenente esclusivamente vasi greci di fattura corinzia, attesta che la polis doveva essere in vita già intorno all’anno 625 a.C.
Dal 560 a.C. al 440 a.C. si assiste al periodo di massimo splendore e ricchezza di Poseidonia. Tale apice fu dovuto a diversi fattori, alcuni dei quali si possono ravvisare, ad esempio, alla recessione della presenza e dell’influenza etrusca sulla riva destra del Sele nella prima metà del VI secolo a.C.. Con l'allentarsi della presenza etrusca, si dovette creare un vuoto di potere ed economico nella zona a nord del Sele, vuoto di cui non poté non avvantaggiarsi ed approfittare Poseidonia. A tale evento devono aggiungersi altri due tragici accadimenti: la distruzione della città di Siris (=Policoro) sul Mar Jonio, da parte di Crotone, Sibari e Metaponto, con la conseguenza un predominio di Sibari in tutta la regione della Siritide, per cui dovettero intensificarsi i traffici interni tra Poseidonia e la Siritide; e la distruzione di Sibari stessa nel 510 a.C., ad opera di Crotone. L’esplosione di benessere e di ricchezza che si riscontra a Poseidonia, che coincide con quest'ultimo avvenimento, fa sospettare che buona parte dei Sibariti, fuggiti dalla città distrutta, dovettero trovare rifugio nella loro sub-colonia, portandovi le proprie ricchezze. Ascrivibile al medesimo periodo è la costruzione di un monumentale sacello sotterraneo: potrebbe trattarsi di un cenotafio dedicato ad Is, mitico fondatore di Sibari, eretto a Poseidonia dai profughi Sibariti. Nello stesso arco cronologico, a distanza di cinquant'anni l’uno dall’altro, vengono eretti anche la cosiddetta Basilica (550 a.C. circa), il Tempio "di Cerere" (500 a.C. circa) ed il Tempio "di Nettuno" (450 a.C. circa).
In una data collocabile tra il 420 a.C. e 410 a.C., i Lucani presero il sopravvento nella città, mutandole nome in Paistom. A parte sporadici riferimenti nelle fonti, non si conoscono i particolari bellici della conquista lucana, probabilmente perché dovette trattarsi di una violenta conquista repentina. È un processo che è possibile riscontrare in altre località (ad esempio per la non distante Neapolis), dove vi fu una lenta, graduale, ma costante infiltrazione dell’elemento italico, dapprima richiamato dagli stessi Greci per i lavori più umili e servili, per poi divenir parte della compagine sociale mediante il commercio e la partecipazione alla vita cittadina, fino a prevalere e a sostituirsi nel potere politico della città.
Sebbene letterati e poeti greci riportino il rimpianto dei Poseidoniati per la perduta libertà e per la decadenza della città, l'archeologia testimonia che il periodo di splendore proseguì ben oltre la "conquista" lucana, con la produzione di splendidi vasi dipinti (talora segnati da artisti di prim'ordine quali Assteas, Python e il Maestro di Afrodite), con sepolture copiosamente affrescate e preziosi corredi tombali. Tale ricchezza doveva derivare in larga misura sia dalla fertilità della piana del Sele, sia dalla produzione stessa di oggetti di grande qualità, parte cospicua di quei commerci che proseguivano sull'onda di quelli che avevano caratterizzato il periodo precedente. Neanche il carattere greco della città scomparve del tutto, come attestano, oltre la produzione dei vasi dipinti, anche la costruzione del bouleterion e la monetazione, che preservò le sue prerogative elleniche.
Piccola parentesi fu aperta nel 332 a.C., quando Alessandro il Molosso, re dell’Epiro - giunto in Italia su richiesta di Taranto in difesa contro Bruzi e Lucani - dopo aver riconquistato Eraclea, Thurii, Cosentia, giunse a Paistom. Qui si scontrò con i Lucani, sconfiggendoli e costringendoli a cedergli degli ostaggi. Ma il sogno del Molosso di conquistare l’Italia Meridionale ebbe breve durata: la parentesi si chiuse nel 331 a.C., con la sua morte in battaglia presso Pandosia. Paistom ritornò dunque sotto il dominio lucano.
Nel 273 a.C. Roma sottrasse Paistom alla confederazione lucana, vi insediò una colonia, e cambiò il nome della città in Paestum. I rapporti tra Paestum e Roma furono sempre molto stretti: i pestani erano socii navales dei Romani, alleati che in caso di bisogno dovevano fornire navi e marinai. Le imbarcazioni che Paestum (e la non lontana Velia) fornirono ai Romani dovettero probabilmente avere un peso non irrilevante durante la Prima Guerra Punica. Nella Seconda Guerra Punica Paestum rimase fedele alleata di Roma: dopo la battaglia di Canne, Paestum addirittura offrì a Roma tutte le patere d’oro conservate nei suoi templi. La generosa offerta fu rifiutata dall'Urbe, che però non disdegnò, invece, le navi cariche di grano grazie alle quali i Romani assediati da Annibale entro le mura di Taranto poterono resistere. Come ricompensa della sua fedeltà, a Paestum fu permesso di battere moneta propria, in bronzo, fino ai tempi di Tiberio; tale conio si riconosce per la sigla "PSSC" (Paesti Signatum Senatus Consulto).
Sotto il dominio romano vennero realizzate importante opere pubbliche, che mutano il volto dell'antica polis greca: il Foro - che va a sostituire l'enorme spazio dell'agorà e che riduce l’area del santuario meridionale - il cosiddetto "Tempio della Pace", probabilmente il Capitolium, il santuario della Fortuna Virile, l’anfiteatro. Anche l’edilizia privata rispecchia benessere di cui Paestum dovette godere in tale periodo, benché fossero state aperte due importanti arterie di comunicazione interne, la via Appia e la via Popilia: di fatto esse tagliavano Paestum fuori dalle grandi rotte commerciali, la via Appia collegando Roma direttamente all’Adriatico e di qui all’Oriente, la via Popilia attraversando la Magna Grecia lungo un percorso interno, lontano dalla città. La città conobbe un fenomeno di cristianizzazione relativamente precoce: infatti sono documentati martirii al tempo di Diocleziano. Nel 370 d.C. un pestàno, Gavinio, vi portò il corpo dell’apostolo San Matteo, poi trasferito a Capaccio Vecchio ed infine a Salerno.
Il geografo Strabone testimonia che Paestum era resa insalubre da un fiume che scorreva poco distante e che si spandeva fino a creare una palude. Si tratta del Salso (identificato con Capodifiume), corso d'acqua che tuttora fluisce a ridosso delle mura meridionali, dove, in corrispondenza di Porta Giustizia, è scavalcato da un ponticello antico databile al IV secolo a.C. Progressivamente dovette iniziare ad impaludarsi l'area circostante la parte sud-occidentale dell'insediamento, in quanto il fiume non riusciva più a defluire normalmente, dato il progressivo insabbiamento della foce e del lido che doveva trovarsi non distante da Porta Marina. È possibile notare come i pestani cercassero di correre ai ripari e difendersi da questa calamità, innalzando i livelli delle strade, sopraelevando le soglie delle case, realizzando opere di canalizzazione a quote sempre maggiori. Caratteristica delle acque del Salso, ricordata da Strabone, era quella di pietrificare in breve tempo qualsiasi cosa, essendo ricchissime di calcare.
L’impaludamento della città fece sì che essa si contraesse progressivamente, ritirandosi man mano verso il punto più alto, intorno al Tempio di Cerere, lì dove è attestato l’ultimo nucleo abitativo. Tagliata fuori dalle direttive commerciali, insabbiatosi il suo porto, la vita dell'antica polis dovette ridursi ad un'esistenza di pura sussistenza. Con la crisi della religione pagana, poco lontano dal Tempio di Cerere sorse una basilica cristiana (chiesa dell’Annunziata), mentre pochi anni dopo lo stesso tempio venne trasformato in chiesa. Un interessante caso di sincretismo religioso si ha nell'iconografia della Vergine venerata nell'area pestana: uno dei simboli della Hera poseidoniate, la melagrana, emblema di fertilità e ricchezza, passò alla Madonna, che difatti prese l'epiteto di Madonna del Granato. Sebbene fosse divenuta sede vescovile almeno a partire dal V secolo d.C., nell'VIII secolo o IX secolo d.C. Paestum venne definitivamente abbandonata dagli abitanti che si rifugiarono sui monti vicini: il nuovo insediamento prese nome dalle sorgenti del Salso, Caput Aquae, appunto, dal quale probabilmente deriva il toponimo Capaccio. Qui trovarono scampo dalla malaria e dalle incursioni saracene, portando con sé il culto di S. Maria del Granato, tuttora venerata nel santuario della Madonna del Granato. Nell'XI secolo Ruggero il Normanno avviò un'operazione di depredamento dei materiali dei templi di Paestum, mentre Roberto il Guiscardo fece spoliare gli edifici abbandonati della città per ricavarne marmi e sculture da impiegare nella costruzione del Duomo di Salerno.