Il territorio lasciato al Pontefice si restrinse ulteriormente nei giorni successivi alla sola cerchia delle mura leonine, per richiesta dello stesso cardinale segretario di stato, Giacomo Antonelli, che paventava problemi di ordine pubblico e si faceva portavoce del rifiuto di Pio IX a diventare una sorta di sovrano di un solo rione; ciò nascondeva l'intento di far pesare ancora di più la prigionia del Papa, sperando in una nuova restaurazione per recuperare tutto lo Stato Pontificio. Col Regio Decreto del 9 ottobre 1870 n. 5903 Roma fu proclamata capitale d'Italia e fu soppresso il potere temporale dei papi. Pio IX, sovrano spodestato militarmente, non dette né adesione né consenso all'occupazione italiana, e nemmeno alla legge delle Guarentigie, che fu proclamata unilateralmente dallo Stato occupante, nell'intento di mantenere e garantire l'indipendenza spirituale del Papa (ma non la sua sovranità) e la prosecuzione della sua missione religiosa; egli si considerò prigioniero in Vaticano, e non ne uscì mai più, pur continuando a esercitare il pontificato. Nacque così la Questione Romana, che tormentò i rapporti tra Regno d'Italia e Chiesa cattolica per 59 anni.
Ci furono lunghe trattative diplomatiche, durante le quali fu più volte ipotizzata la costituzione di un nuovo Stato, la cui estensione, a seconda delle proposte, variava dalla sola area a disposizione del Papa sin dall'ottobre 1870, ad un territorio esteso fino al mare o che comprendesse almeno un accesso al Tevere, come garanzia della possibilità di raggiungere i fedeli fuori d'Italia senza percorrere territorio italiano; o comunque si ipotizzava un territorio non troppo minuscolo che giungesse fino a Villa Doria Pamphilj. Tali ultime ipotesi vennero infine meno sia per la decisione di Mussolini di non cedere porzioni significative di territorio italiano sia per il timore di Pio XI di essere eccessivamente distolto da problemi temporali. La Questione fu infine risolta l'11 febbraio 1929, quando i due Alti Contraenti firmarono i Patti Lateranensi, con i quali si riconobbero reciprocamente il carattere di indipendenza e di sovranità.
I Patti consistevano in:
- un concordato sui reciproci rapporti.
- un trattato, con allegata una convenzione finanziaria.
Per l'appunto il trattato lateranense è l'atto istitutivo dello Stato della Città del Vaticano, con il quale l'Italia riconosce al Papa la piena sovranità e indipendenza sulla sola ed esclusiva parte del territorio della città di Roma compreso nella cerchia delle Mura Leonine, oltre che sulla Piazza San Pietro. Questo territorio, pur estremamente ridotto, è riconosciuto a livello internazionale e assicura così l'indipendenza sovrana della Santa Sede rispetto a qualsiasi altro potere politico. La convenzione finanziaria fornì i mezzi per l'autonomia economica della nuova formazione statale.
Nel 1948 i Patti furono riconosciuti nell'articolo 7 della Costituzione della Repubblica Italiana.