Le origini del nome di Gaeta (in latino: Caieta, in greco Kaièta, Καιέτα, in albanese: Kajeta, ka jeta) sono tuttora avvolte nella leggenda:
- Strabone indicò la sua provenienza dal termine Gaetas usato dai pescatori laconi per indicare il sito, con chiaro riferimento all'ampia insenatura del suo golfo; altri dicono invece che il sito ed il golfo abbiano ricevuto lo stesso nome della nutrice di Enea.
- Diodoro Siculo collegò queste terre al mito degli Argonauti facendo derivare il nome della città da Aietes, mitico padre di Medea (figlia di Circe), la maga innamorata di Giasone.
- Virgilio, nell'Eneide trovò la sua origine nel nome della nutrice di Enea, Caieta, sepolta dall'eroe troiano in quel sito durante il suo viaggio verso le coste laziali. Dante Alighieri, quasi a significare la storicità dell'Eneide, confermò l'avvenimento.
- Altre fonti prendono il nome di Gaeta da Aiete, figlio del dio sole Elio, il cui soprannome è "L'Aquila"; egli sarebbe il fratello della nota Maga Circe. Questo appellativo le sarebbe stato dato per l' insolita struttura geografica della città che ricorda appunto la testa di questo famoso rapace.
I primi insediamenti nel territorio di Gaeta risalgono all'VIII secolo a.C., ma fu solo nel 345 a.C. che finì sotto l'influenza di Roma.
Durante il periodo romano Gaeta divenne un luogo di villeggiatura molto rinomato, frequentato da imperatori, ricchi patrizi romani, da consoli e da famosi senatori dell'epoca. Per favorire la loro venuta fu persino costruita una nuova strada romana, la Via Flacca, più breve rispetto all'Appia. Il suo territorio, peraltro, è situato all'interno di quell'area geografica denominata, in epoca imperiale, Latium adjectum. Tale nome era infatti riferito ai territori "aggiunti", in seguito alle prime espansioni di Roma verso sud, al Latium vetus (terra di origine dei latini), con la conseguente scomparsa di altri popoli preromani (Volsci, Equi, Ernici e Ausoni). Ormai già con Augusto e la sua riforma amministrativa, i territori di Gaeta ricadevano nella regione unica che i romani chiamavano con il nome Latium e che terminava proprio con l'attuale confine con la Campania del fiume Liri-Garigliano.
Di quel periodo restano visibili molte vestigia, come ad esempio il Mausoleo che sorge sulla sommità di Monte Orlando di Lucio Munazio Planco, console romano, prefetto dell'Urbe, generale di Giulio Cesare (attraversò con lui il fiume Rubicone, fu al suo fianco nelle campagne galliche) di Marco Antonio e di Ottaviano detto Augusto.
Con la caduta dell'Impero romano d'Occidente iniziò un periodo buio di transizione, caratterizzato da continui saccheggi ad opera delle popolazioni barbariche prima e dei Saraceni poi. Proprio per la sua caratteristica posizione su di una penisola naturale, facilmente difendibile, piano piano si trasformò in un castrum: Gaeta fu fortificata con cinte murarie e sulle pendici di Monte Orlando; sulla zona alta dell'antico borgo medioevale sorse il castello di Gaeta a difesa dell'abitato, e le popolazioni delle zone limitrofe si trasferirono all'interno delle mura per trovare ospitalità, rifugio e protezione.