L'esistenza di un centro dell'età del bronzo con frammenti di ceramiche importate dall'Egeo fu accertata dall'archeologo di origine tedesca Giorgio Buchner, negli anni trenta del '900. Dal 1975 circa vi si svolgono campagne di scavo, in una prima fase curate dall'Università degli Studi di Roma "Sapienza". Attualmente le ricerche sono a cura dell'Università Suor Orsola Benincasa di Napoli.
Gli scavi hanno documentato numerosi aspetti dell'insediamento databile tra il XVII e il XIV secolo a.C. (aspetti culturali di Punta Mezzogiorno, protoappenninico di Punta d'Alaca, appenninico). Campagne di esplorazione sottomarina hanno inoltre permesso di scoprire tracce di popolamento fino a 6-9 metri di profondità, indice di un abbassamento del suolo databile intorno alla fine dello stesso periodo e riconducibile, molto probabilmente, a dinamiche di bradisismo simili a quelle di altre aree dei Campi Flegrei. L'isola doveva dunque essere più estesa di quanto sia oggi.
L'importanza degli scavi di Vivara, iniziati negli anni settanta dopo le prime esplorazioni di Buchner, risiede nell'aver fornito un anello mancante nella ricostruzione delle dinamiche marinare nel Mediterraneo occidentale in epoca premicenea e protomicenea, innescando un processo di revisione globale delle possibili navigazioni egee.
Probabilmente in quell'epoca (periodo definito dagli archeologi di passaggio dal Bronzo Antico al Bronzo Medio), l'isola di Vivara costituiva un nodo di collegamento e di commercio in una rete di comunicazioni marittime che collegava le regioni dell'alto Tirreno, sede di importanti affioramenti di minerali metallici (fra i quali il rame), con il Mediterraneo orientale.
Dal XIV secolo a.C. ogni traccia di vita stabile su Vivara scompare per circa due millenni, per riprendere soltanto in epoca moderna con la costruzione, nel 1681, di una villa colonica sul pianoro sommitale che rimane ancor oggi l'unica costruzione di rilievo dell'isola.
Verso la metà del XVIII secolo, il re Carlo III di Napoli, fece di Vivara una sua riserva di caccia, popolandola, tra l'altro di fagiani, conigli e caprioli.