L'etimologia del nome Alife è ancora oggetto di studi. L'esatta pronuncia sabellica dovrebbe essere ALIPHA; su una moneta d'argento del IV a.C. la forma osca è grecizzata in ALIOHA. In greco è Ἀλλιφαί per Strabone e Diodoro Siculo, Ἄλλιφα per Tolomeo. Per i romani è Allifae, con qualche variante, ed è nominata da Silio Italico, Plinio il Giovane, Cicerone, Orazio ed altri numerosi. Nel medioevo la forma definitiva Alife compare su pergamene dell'XI secolo, il nome continuerà a circolare su documenti e cronache in varianti come Alifia e Alifi. Il termine greco Elaias (oliva) è l'origine più plausibile del termine latino (sostantivi di origine greca pluralizzati) Aliphae. Di fatto la antichissima varietà autoctona 'tonda allifa' di ulivi sembra la prova più convincente, se non l'unica, di una etimologia con contenuto semantico.
Alife ha origine osca o sannita, coniava moneta propria come un didramma d'argento del IV secolo a.C. Fu a lungo in lotta con Roma, dal 343 al 290 a.C., venendo poi distrutta durante le guerre sannitiche. Numerose le sepolture di età sannitica rinvenute in località Conca d'Oro.
Alife fu in seguito riedificata con il caratteristico impianto romano, con decumano massimo e cardine massimo. Incorporata come praefectura sine suffragio nella repubblica romana, e poi municipium Romanorum, con governo proprio di decurioni, decemviri, questori, censori, edili e pontefici. Fu iscritta alla tribù Teretina. Le lapidi superstiti raccontano figure e ruoli dell'Alife romana, compresi consoli romani. Del Calendario alifano si conservano frammenti dei giorni 11-19 agosto e 22-29 agosto; interessa la menzione del Circo alifano, del quale, a differenza dell'Anfiteatro e del Teatro, si è persa ogni traccia.
La città romana, circondata da mura tuttora esistenti, rimase abitata per tutto il medioevo, nonostante assedi e saccheggi. Una grande fioritura monastica interessò il territorio alifano dal 719 al 774 con la fondazione dei monasteri di S. Maria e S. Pietro a Massano, S. Maria in Cingla, S. Giovanni, S. Salvatore, ed altri minori come S. Nazario e S. Martino al Volturno.
Nel corso del IX secolo conobbe eventi molto duri: coinvolta nelle lotte fra i signori longobardi, subì danni dal terremoto dell'847, venne saccheggiata dai saraceni, e nell'anno 860 riconquistata dall'imperatore Ludovico II. Nel X secolo la città visse una nuova ripresa, prima divenne contea e il primo conte storicamente noto è Bernardo, seguito da Aldemario, poi riottenne un proprio vescovo. Dopo Paolo, sono nominati nelle lapidi coeve della Cattedrale alifana i vescovi Vito, Gosfrido e Arechi.
Nella seconda metà dell'XI secolo il territorio alifano fu conquistato dalla casa normanna dei Drengot Quarrel, e la cittadina ebbe momenti di gloria e di splendore. Il primo conte della stirpe è Rainulfo, cui succedette il figlio Roberto di Alife e il figlio di costui, il secondo Rainulfo, conte di Alife e Caiazzo. Rainulfo II chiese ed ottenne, nel 1131 o 1132, dall'antipapa Anacleto II le reliquie di San Sisto I, papa e martire, divenuto poi protettore della città e della diocesi. A lui fu dedicata la cattedrale, intitolata a Santa Maria Assunta. Nel 1132 Rainulfo entrò in guerra contro Ruggero II di Sicilia e nel luglio numerosi cavalieri e fanti alifani furono impegnati nella vittoriosa ma sanguinosa Battaglia di Nocera. Nel 1135 Alife fu occupata dal truppe regie ma ripresa nel 1137 da Rainulfo ora elevato da papa e imperatore al ducato di Puglia. Dopo la strage del 1138 voluta da Ruggero II di Sicilia prese il potere Malgerio Postella. In questi anni la città fu sottoposta alle continue lotte fra il regno ed i ribelli. La casa normanna di Alife riconquistò temporaneamente la contea con Andrea di Ravecanina negli anni a partire dal 1154 e saldamente solo dal 1193 con Giovanni di Ravecanina, l'ultimo dei Drengot.
Anche nell'età sveva infuriarono le lotte per il possesso dell'antica città: nel 1205 il castello respinse un assedio, ma la città fu data alle fiamme. In questi anni fu governata dal conte Siffrido, di origine germanica, fino all'ingresso dell'Imperatore Federico II di Svevia che ne prese il controllo diretto nel 1221. Nel 1229 la città aprì le porte all'esercito pontificio ma tornò rapidamente in potere di Federico II, che fece riparare il castello normanno. Il 2 novembre 1254 Papa Innocenzo IV annetteva Alife alla Chiesa, ma presto la città fu riannessa al Regno di Sicilia. Vi transitò Carlo I d'Angiò prima di sconfiggere Manfredi a Benevento nel 1266. Nel 1269 è conte Filippo, primogenito di Baldovino imperatore di Costantinopoli. Un eretico alifano, Pietro, è reso celebre da un affresco di Giotto. Sono numerose le chiese e i monasteri in attività fra il XII e il XIII secolo, ancora nel 1226 la chiesa di S. Pietro al Mercato ospitava una confraternita, e quell'anno erano in funzione due ospedali.
Nel Trecento città e contea passano di mano tra le dinastie D'Avella, Janvilla e Marzano. Per oltre un decennio tra il 1324 e il 1335 appartiene all'Ordine degli Ospitalieri di Gerusalemme. Nel 1320 Alife, che comprende una comunità ebraica, è tassata per 78 once, 2 tarì e 12 grani, mentre il casale di S. Simeone è tassato per 2 once ed 8 tarì, con una popolazione totale stimata fra i 5000 ed i 6000 abitanti. La città subisce qualche danno con il terremoto dell'Appennino centrale del 1349. L'alifano Niccolò Alunno († 1367) diviene prima maestro razionale e poi gran cancelliere del Regno di Napoli; scrive gli Arcani Historici e suo figlio Francesco Renzio viene fatto cardinale da papa Urbano VI. Fra i vari vescovi che si susseguono nella diocesi, chiude il secolo l'alifano Giovanni de Alferis, della stessa famiglia di Alferio, vescovo di Alife, poi di Viterbo.
Nel Quattrocento si alternano le dinastie Stendardo, Origlia, di nuovo Marzano, Gaetani e Diaz Garlon. Il 5 dicembre 1456 un violento terremoto devasta tutto il Sannio; in Alife si contano 60 morti e numerosi crolli. Il vescovo Antonio Moretta ripara la cattedrale, e la città conserva il suo ruolo di centro principale del territorio. Ha propri Statuti Municipali nel 1464, che vengono aggiornati nel 1503 e solennemente nel 1506 dal Palazzo Grande della città rinascimentale. In contrada San Simeone si insedia una colonia di Albanesi e di Ebrei. Nel 1536 è attiva la tipografia del primicerio Luigi Cilio che dedica alla contessa Cornelia Piccolomini il Tempio de Amore di Iacopo Campanile; per il torchio di Cilio Alifano, trasferitosi a Napoli, il professore alifano Cesare Benenato pubblica il De puerorum institutione. Dal 1557 è vescovo il giurista e storico Antonio Agustín che trascrive le epigrafi latine della città e ne studia (senza pubblicare) antichi documenti. Nella seconda metà del XVI secolo la città governata dagli spagnoli Diaz Garlon, passa da un alto momento culturale ad un rapido declino. Nel 1561 è saccheggiata congiuntamente da milizie pontificie e del regno di Napoli. Il vescovo Giacomo Gilbert de Nogueras trasferisce la residenza del vescovo nel vicino centro di Piedimonte d'Alife, dove i suoi successori sono rimasti fino ad oggi senza, tuttavia, intaccare l'antico titolo vescovile, mantenuto sempre da Alife da sedici secoli.
Nel Seicento è feudo della famiglia Caetani. Si conservano i giuramenti dei governatori, di regola esterni, in carica dal 1585 al 1689. Ancora un terremoto, questa volta nel 1688, abbatte diverse case e danneggia la cattedrale. Nel 1716 sono ritrovate in Cattedrale le reliquie di San Sisto. Nel 1746 viene compilato il catasto onciario, nel 1810 con la fine della feudalità, è assegnato al comune l'attuale patrimonio boschivo. La cittadina ha un nuovo incremento demografico all'inizio dell'Ottocento. Con l'unificazione d'Italia nel 1861 è segnalata qualche incursione di briganti, reduci dell'esercito napoletano nelle zone collinari e boschive.